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chumphati/ngs_rnaseq_emt

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Pipeline du TP NGS RNA-seq

Fiona Hak1
1. Université Paris-Saclay

Ce dépôt contient un pipeline bash d'analyse de données NGS allant de l'importation des données du TP (ou autres à condition de fournir un chemin vers les fichiers fastq) à l'identification de gènes. Les consignes du TP sont dans le dossier "data".

Installation

Ce dépôt doit être cloné :

git clone [email protected]:chumphati/ngs_ue_ami2b.git

Usage

Les dépendances doivent être installées comme décrit dans le paragraphe correspondant ci-dessous. Le pipeline peut être lancé via ses executables directement dans le dossier d'installation :

cd ngs_ue_ami2b
conda activate analyzer
bash analyzer.sh <options> [--download_data | --import_data]

Pour plus d'information sur les options disponible :

bash analyzer.sh --help

Il faut obligatoirement spécifier en argument si on souhaite télécharger de novo les données ou fournir un dossier des fichiers fastq.

Pour lancer en téléchargeant les données :

bash analyzer.sh --download_data

Si les données sont déjà téléchargées :

bash analyzer.sh --import_data <lien vers le dossier des données>

Dépendances

Ce pipeline est basé sur plusieurs dépendances, contenus dans des environnements conda :

  • fastqc v.0.12.1
  • trimmomatic v.0.39
  • star v.2.7.11a
  • samtools v1.17.24
  • subread v2.0.3

Ces dépendances peuvent être installées via :

conda create -n analyzer
conda activate analyzer
conda install -c bioconda fastqc
conda install -c bioconda trimmomatic
conda install -c bioconda star
conda install -c bioconda samtools
sudo apt-get install subread

About

TP1 NGS M2 AMI2B

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