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Update 2024-07-03-TaxonomyChecklistProdedure.md
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Original file line number | Diff line number | Diff line change |
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@@ -13,31 +13,31 @@ ratio: 50 | |
thumbnail: https://inaturalist-open-data.s3.amazonaws.com/photos/133409879/original.jpg | ||
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## Guidelines for checking legume names - please contribute ! | ||
## Orientações para verificação de nomes de leguminosas - contribua! | ||
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## Introduction | ||
## Introdução | ||
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As legume researchers, we all need access to an accurate species list for gathering occurrence and trait data in a consistent manner and for curating all other types of data on legumes (phylogenomics, images, etc.). For this reason, in 2020 we initiated a project to update the legume list of names through an ongoing process with the aim to establish an up-to-date, consensus legume checklist with accepted names. The information that we gather will inform our own research as well as that of others, e.g. online projects such as the Global Biodiversity Information Facility (GBIF), Catalogue of Life (CoL) and World Flora Online (WFO). The corrections we provide are fully integrated in Kew’s Plants of the World Online (POWO) portal via their World Checklist of Vascular Plants (WCVP) database by collaborating with Rafaël Govaerts, and are synchronised with the International Plant Name Index (IPNI). This document serves to provide a set of instructions that will guide taxonomists to enlist and become part of this global initiative. | ||
Como pesquisadores de leguminosas, todos nós precisamos ter acesso a uma lista precisa de espécies para coletar dados de ocorrência e características de maneira consistente e para curar outros tipos de dados sobre leguminosas (filogenômica, imagens etc.). Por esse motivo, em 2020, iniciamos um projeto para atualizar a lista de nomes das leguminosas por meio de um processo contínuo com o objetivo de estabelecer uma lista de checagem, com os nomes aceitos, atualizada e consensual. As informações que coletamos servirão de base para nossa própria pesquisa e a de outros, por exemplo, projetos on-line como o Global Biodiversity Information Facility (GBIF), o Catalogue of Life (CoL) e o World Flora Online (WFO). As correções que fornecemos são totalmente integradas ao portal Plants of the World Online (POWO) de Kew por meio do banco de dados World Checklist of Vascular Plants (WCVP), em colaboração com Rafaël Govaerts, e são sincronizadas com o International Plant Name Index (IPNI). Este documento serve para fornecer um conjunto de instruções que orientará os taxonomistas a fazerem parte dessa iniciativa global. | ||
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## Workflow | ||
**1. Register** | ||
## Etapas | ||
**1. Registro** | ||
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Tell us you want to help by sending the following details to the relevant coordinator(s) as listed in [Table 1](https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Z_f6fJkmd5ZecJK4UF7B32YwpwlcpNQ9MZtICjxudUk/edit?gid=0#gid=0): | ||
- Name | ||
- Surname | ||
- Department/Faculty | ||
- Position | ||
- Country | ||
- Institutional affiliation (full address) | ||
- Email address | ||
- Legume group(s) of interest | ||
Diga-nos que deseja ajudar enviando os seguintes detalhes ao(s) coordenador(es), conforme listado na [Tabela 1](https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Z_f6fJkmd5ZecJK4UF7B32YwpwlcpNQ9MZtICjxudUk/edit?gid=0#gid=0): | ||
- Nome | ||
- Sobrenome | ||
- Instituição | ||
- Cargo | ||
- País de origem | ||
- Afiliação institucional (endereço completo) | ||
- Endereço eletrônico | ||
- Grupo(s) de leguminosas de interesse | ||
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If more than one person is willing to check names for the same group, the coordinator will liaise with all involved to establish a team. | ||
Se mais de uma pessoa estiver disposta a verificar nomes para o mesmo grupo, o coordenador entrará em contato com todos os envolvidos para formar uma equipe. | ||
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**2. Download data** | ||
**2. Dados para download** | ||
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Download the relevant checklist per subfamily and unplaced taxa from the Legume Data Portal. Once you have clicked on the relevant link below you will be directed to the Legume Data Portal GitHub, where you can click on the three little dots to the right of the file name to download. | ||
Faça o download da lista de verificação por subfamília e táxons não avaliados no Legume Data Portal. Depois de clicar no link de interesse (abaixo listado), você será direcionado para o GitHub do Legume Data Portal, onde poderá clicar nos três pontinhos à direita do nome do arquivo para fazer o download. | ||
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- [Caesalpinioideae checklist](https://github.com/gbif/hp-legume/blob/master/assets/checklists/WCVPFabaceae_2024v5_Caesalpinioideae.xlsx) (102 genera still to check) | ||
- [Cercidoideae checklist](https://github.com/gbif/hp-legume/blob/master/assets/checklists/WCVPFabaceae_2024v5_Cercidoideae.xlsx) (already verified; see unplaced names) | ||
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@@ -48,74 +48,75 @@ Download the relevant checklist per subfamily and unplaced taxa from the Legume | |
- [Unplaced names checklist](https://github.com/gbif/hp-legume/blob/master/assets/checklists/WCVPFabaceae_2024v5_Unplaced%20taxa.xlsx) (names not assigned to a subfamily that need checking) | ||
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**3. Edit the checklist** | ||
**3. Realizando a checagem** | ||
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As certain components of the checklist have been verified, one of two processes should be followed going forward: a) check data for the first time or b) maintain data. | ||
Herewith are detailed guidelines for both processes and a flow diagram to illustrate the steps. | ||
Como determinados componentes da lista de checagem já foram verificados, um dos dois processos deve ser seguido daqui para frente: a) verificar os dados pela primeira vez ou b) manter os dados. | ||
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A seguir, apresentamos orientações detalhadas para ambos os processos e um fluxograma para ilustrar as etapas. | ||
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<img src="/assets/images/Workflow_TaxoWG.png" alt="Figure 1. Flow diagram illustrating the steps that should be followed in checklist curation."> | ||
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Use published data and follow the International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants when verifying data. | ||
Use dados publicados e siga o Código Internacional de Nomenclatura para algas, fungos e plantas ao checar os dados. | ||
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**3.1 First time checks** | ||
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1. Check all data and record any correction in the ‘comment’ column only. | ||
2. For every record checked or checked and corrected, add your full name in the column “verified by” and the date on which the record was checked and verified on in the column “verified on (date)”. | ||
3. When a name does not appear in the checklist, visit the [IPNI](https://ipni.org/) website, search for the name and if it is not in the IPNI database, [register](https://ipni.org/registration/) the name. | ||
4. It is important to highlight where new combinations are needed in the checklist. Unpublished names cannot be included in the final checklist. Therefore please comment if/when you intend to publish these or know who will publish these names. | ||
5. If you know of an additional publication justifying the taxonomic arrangement you propose, then please cite in the ‘comment’ column. | ||
If you notice that a paper with new synonymy has been missed, then it is sufficient to mention the paper once and there is no further need to make detailed changes. All the changes from that paper will then be added by the editors. | ||
6. If you question synonymy, you can check details on [POWO](https://powo.science.kew.org/) where references are usually provided under the section “Publications” and/or [IPNI](https://ipni.org/). | ||
7. Name status categories that can be used include: | ||
- Accepted | ||
- Synonym | ||
- Unplaced | ||
8. More detailed categories that can be used, if you know, include: | ||
- Artificial Hybrid (treated the same as accepted) | ||
- Illegitimate (please indicate if homonym or superfluous) (treated as synonyms) | ||
- Invalid (treated as synonyms) | ||
- Misapplied (sensu auct.) (treated as synonyms) | ||
- Orthographic variation (treated as synonyms) | ||
9. Submit the updated checklist to the relevant coordinator (Table 1) according to their instructions, with a copy of the email to Marianne le Roux, Anne Bruneau or Juliana Rando. Rafaël Govaerts will incorporate corrections into the WCVP database and will contact taxonomists directly if certain corrections require clarification. | ||
**3.1. Primeira checagem** | ||
1. Verifique todos os dados e registre qualquer correção somente na coluna “comentário”. | ||
2. Para cada registro verificado ou verificado e corrigido, acrescente seu nome completo na coluna “verified by” (verificado por) e a data em que o registro foi realizado na coluna “verified on (date)”. | ||
3. Quando um nome não aparecer na lista de verificação, visite o site do [IPNI](https://ipni.org/), pesquise o nome e, se ele não estiver no banco de dados do IPNI, [registre](https://ipni.org/registration/) o nome. | ||
4. É importante destacar na lista de verificação onde são necessárias novas combinações. Nomes não publicados não podem ser incluídos na lista final. Portanto, comente se/quando você pretende publicá-los ou sabe quem publicará esses nomes. | ||
5. Se tiver conhecimento de uma publicação adicional que justifique o arranjo taxonômico proposto, cite-a na coluna “comentário”. | ||
Se você perceber que um artigo com nova sinonímia foi esquecido, basta mencionar o artigo uma vez e não há mais necessidade de fazer alterações detalhadas. Todas as alterações desse artigo serão então adicionadas pelos editores. | ||
6. Se você questionar a sinonímia, poderá verificar os detalhes em [POWO](https://powo.science.kew.org/), onde as referências geralmente são fornecidas na seção “Publications” (Publicações) e/ou [IPNI](https://ipni.org/). | ||
7. As categorias de status de nome que podem ser usadas incluem: | ||
- Aceito | ||
- Sinônimo | ||
- Não avaliados | ||
8. Categorias mais detalhadas que podem ser usadas, se você souber, incluem: | ||
- Híbrido artificial (tratado da mesma forma que aceito) | ||
- Ilegítimo (indique se é homônimo ou supérfluo) (tratado como sinônimo) | ||
- Inválido (tratado como sinônimo) | ||
- Mal aplicado (sensu auct.) (tratado como sinônimo) | ||
- Variação ortográfica (tratados como sinônimos) | ||
9. Envie a lista checada atualizada ao coordenador (Tabela 1) de acordo com instruções fornecidas por ele, com uma cópia do e-mail para Marianne le Roux, Anne Bruneau ou Juliana Rando. Rafaël Govaerts incorporará as correções ao banco de dados do WCVP e entrará em contato diretamente com os taxonomistas se determinadas correções exigirem esclarecimentos. | ||
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**3.2 Data maintenance** | ||
**3.2 Manutenção dos dados** | ||
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After a particular component of a checklist has been verified (flagged accordingly in the “checked” column), data will require additional verification as unplaced names are discovered and included in the WCVP Fabaceae checklist and on Rhakhis, an online names editing tool that will slowly be integrated into our workflows. | ||
Depois que um determinado nome da lista tiver sido verificado (sinalizado de acordo com a coluna “verificado”), os dados precisarão de uma checagem adicional à medida que os nomes não colocados forem descobertos e incluídos na lista de Fabaceae do WCVP e no Rhakhis, uma ferramenta de edição de nomes on-line que será lentamente integrada aos nossos fluxos de trabalho. | ||
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For unplaced names in the Excel spreadsheets, data corrections should be made as explained above and submitted to the relevant coordinator. Maintenance will also include the notification of new synonymy or resurrection of names. In these cases, provide the reference to the publication. | ||
Para nomes não posicionados nas planilhas do Excel, as correções de dados devem ser feitas conforme explicado acima e enviadas ao coordenador do grupo. A manutenção também incluirá a notificação de novas sinonímias ou ressurreição de nomes. Nesses casos, forneça a referência da publicação. | ||
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For unplaced names in Rhakhis, log into the [Rhakhis](https://list.worldfloraonline.org/rhakhis/ui/index.html) platform using your [ORCID](https://orcid.org/register). Written and video instructions on how to use Rhakhis is available [here](https://plant-list-docs.rbge.info/rhakhis/) and a [sandbox](https://rhakhis.rbge.info/rhakhis/ui/), if you want to play around and familiarise yourself with the system. If there are unplaced names, they are listed on each taxon page towards the bottom. | ||
Para nomes não colocados em Rhakhis, faça login no [Rhakhis](https://list.worldfloraonline.org/rhakhis/ui/index.html) platform using your [ORCID](https://orcid.org/register). Instruções escritas e em vídeo sobre como usar o Rhakhis estão disponíveis [aqui](https://plant-list-docs.rbge.info/rhakhis/) e um [sandbox](https://rhakhis.rbge.info/rhakhis/ui/), se quiser brincar e se familiarizar com o sistema. Se houver nomes não avaliados, eles serão listados na parte inferior da página de cada táxon. | ||
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## Benefits of contributing to the consensus legume checklist | ||
## Benefícios de contribuir para a lista consensual de leguminosas | ||
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It will be beneficial to participate in this initiative for the following reasons: | ||
- Become an active member of the global legume team | ||
- Promote your research to a broader audience | ||
- Create synergy by combining research | ||
- Building upon the combined research of others | ||
- Receive co-authorship for your contribution to the checklist | ||
- Become part of the global legume community (TEN) that will serve international initiatives such as WFO, CoL and GBIF | ||
A participação nesta iniciativa será benéfica pelos seguintes motivos: | ||
- Tornar-se um membro ativo da equipe global de leguminosas | ||
- Promover sua pesquisa para um público mais amplo | ||
- Criar sinergia por meio da combinação de pesquisas | ||
- Aproveitar a pesquisa combinada de outras pesquisadores | ||
- Receber coautoria por sua contribuição à lista de verificação | ||
- Tornar-se parte da comunidade global de leguminosas (TEN) que servirá a iniciativas internacionais como WFO, CoL e GBIF | ||
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## Checklist publication | ||
## Publicação da lista | ||
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The WCVP Fabaceae legume checklist is integrated or is a stand-alone dataset on the following platforms: | ||
- Catalogue of Life | ||
- ChecklistBank | ||
- Global Biodiversity Information Facility | ||
- Legume Data Portal | ||
- Plants of the World Online | ||
- World Flora Online | ||
- Zenodo (archive of all checklist versions published to date) | ||
- Zenodo (arquivo de todas as versões de listas de verificação publicadas até o momento) | ||
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**Contact** | ||
If you have questions, do not hesitate to contact [Marianne le Roux](mailto:[email protected]), [Anne Bruneau](mailto:[email protected]) and [Juliana Rando](mailto:[email protected]) | ||
**Contatos** | ||
Em caso de dúvidas, não hesite em entrar em contato com [Marianne le Roux](mailto:[email protected]), [Anne Bruneau](mailto:[email protected]) e [Juliana Rando](mailto:[email protected]) | ||
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[**Table 1**. Contact details of coordinators for subfamilies, tribes, clades, or groups](https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Z_f6fJkmd5ZecJK4UF7B32YwpwlcpNQ9MZtICjxudUk/edit?gid=0#gid=0). | ||
[**Tabela 1**. Contact details of coordinators for subfamilies, tribes, clades, or groups](https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Z_f6fJkmd5ZecJK4UF7B32YwpwlcpNQ9MZtICjxudUk/edit?gid=0#gid=0). | ||
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