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CaroleSinou committed Sep 19, 2024
1 parent 48eb563 commit 6cbdae6
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Showing 2 changed files with 18 additions and 14 deletions.
25 changes: 14 additions & 11 deletions _posts/fr/2024-07-03-TaxonomyChecklistProdedure.md
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title: "Information générale pour la vérification de la liste d’espèces des légumineuses"
date: 2024-07-03 06:00:00 +0100
categories: ["How to"]
lang-ref: Procédures de la checklist
lang-ref: Checklist Procedures
lang: fr
preTitle: 3 July 2024
preTitle: 3 Juillet 2024
background: https://inaturalist-open-data.s3.amazonaws.com/photos/133409879/original.jpg
imageLicense: |
<em>Entada rheedei</em> Spreng. Image by dineshvalke via [iNaturalist](https://www.inaturalist.org/observations/81342675)
Expand All @@ -16,13 +16,14 @@ thumbnail: https://inaturalist-open-data.s3.amazonaws.com/photos/133409879/origi
## Procédurier pour vérifier les noms des légumineuse – merci de contribuer !

## Introduction

En tant que chercheurs travaillant sur la famille des légumineuses, nous avons tous besoin d’une liste précise d'espèces pour rassembler des données d'occurrence, des caractères et des traits de manière cohérente et pour valider tout autres types de données sur les légumineuses (phylogénomique, images, etc.). Pour cette raison, en 2020, nous avons lancé un projet visant à mettre à jour la liste des noms de légumineuses par un processus graduel dans le but d'établir une liste validée, à jour et consensuelle, des noms acceptés pour la famille des légumineuses. Les informations que nous recueillons éclaireront nos propres recherches ainsi que celles des autres, par ex. des projets en ligne tels que le Global Biodiversity Information Facility (GBIF), le Catalogue of Life (CoL) et World Flora Online (WFO). Les corrections que nous apportons sont intégrées au portail Plants of the World Online (POWO) de Kew via leur base de données World Checklist of Vascular Plants (WCVP) en collaboration avec Rafaël Govaerts, et sont synchronisées avec l'International Plant Name Index (IPNI). Le présent document sert à fournir un ensemble d'instructions qui guideront les taxonomistes à contribuer et à faire partie de cette initiative internationale.


## Workflow
**1. Inscription**

Pour vous inscrire, veuillez faire parvenir les informations suivantes au coordonnateur approprié. Voir [Tableau 1](https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Z_f6fJkmd5ZecJK4UF7B32YwpwlcpNQ9MZtICjxudUk/edit?gid=0#gid=0):
Pour vous inscrire, veuillez faire parvenir les informations suivantes au coordonnateur approprié. Voir [Tableau 1](https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Z_f6fJkmd5ZecJK4UF7B32YwpwlcpNQ9MZtICjxudUk/edit?gid=0#gid=0) :
- Nom et prénom
- Département/Faculté
- Poste occupé
Expand All @@ -31,7 +32,7 @@ Pour vous inscrire, veuillez faire parvenir les informations suivantes au coordo
- Adresse courriel
- Groupe(s) de légumineuses d’intérêt

Si plus d’une personne souhaite vérifier les noms pour un groupe particulier, le coordonnateur ou la coordonnatrice facilitera la mise en place d’une équipe de travail.
Si plusieurs personnes souhaitent vérifier les noms pour un groupe particulier, le coordonnateur ou la coordonnatrice facilitera la mise en place d’une équipe de travail.

**2. Télécharger les données**

Expand All @@ -48,7 +49,8 @@ Télécharger la liste appropriée pour chaque sous-famille, ainsi que les noms

**3. Vérifier la liste des noms**

Puisque certaines composantes de la liste des noms ont déjà été vérifiées, deux processus sont possibles pour les prochaines étapes : a) vérifier les données pour une première fois ou b) mettre à jour les données. Voici le procédurier pour les deux options et un diagramme illustrant les étapes à suivre.
Puisque certaines composantes de la liste des noms ont déjà été vérifiées, deux processus sont possibles pour les prochaines étapes : a) vérifier les données pour une première fois ou b) mettre à jour les données.
Voici le procédurier pour les deux options et un diagramme illustrant les étapes à suivre.

<br />
<img src="/assets/images/Workflow_TaxoWG.png" alt="Figure 1. Diagramme illustrant les étapes à suivre pour vérifier les noms d’espèces.">
Expand All @@ -58,18 +60,18 @@ Lorsque que vous vérifiez les noms, il est important d’utiliser que des donn

**3.1 Vérification initiale**

1. Vérifiez toutes les données et notez les corrections dans la colonne comment. Ne modifiez pas les autres colonnes.
1. Vérifiez toutes les données et notez les corrections dans la colonne "comment". Ne modifiez pas les autres colonnes.
2. Pour chaque entrée vérifiée, avec ou sans corrections, ajoutez votre nom complet dans la colonne “verified by” ainsi que la date de vérification dans la colonne “verified on (date)”.
3. Si un nom n’apparaît pas dans la liste, visitez le portail [IPNI](https://ipni.org/), cherchez pour le nom et si le nom n’est pas dans la base de données de IPNI, inscrivez le nom en suivant le lien [register](https://ipni.org/registration/).
4. Il est important de souligner quand de nouvelles combinaisons sont nécessaires dans la liste. Les noms non validement publiés ne peuvent être inclus dans la liste finale. Dans ce cas, il serait important d’indiquer si vous ou une autre personne a l’intention de publier les nouveaux noms.
5. Si vous connaissez une publication additionnelle qui justifierait les modifications taxonomiques proposées, il est important de l’indiquer dans la colonne comment’.
5. Si vous connaissez une publication additionnelle qui justifierait les modifications taxonomiques proposées, il est important de l’indiquer dans la colonne "comment".
Si vous notez qu’une publication proposant une nouvelle synonymie a été omis, il est suffisant d’indiquer qu’une seule fois la référence à l’article. Il n’est pas nécessaire d’effectuer tous les changements proposés. Les modifications seront ajoutées pas les éditeurs.
6. Si vous doutez d’un synonyme, vous pouvez vérifier les détails sur [POWO](https://powo.science.kew.org/) pour accéder aux références bibliographiques qui sont généralement dans la section “Publications” ou sur [IPNI](https://ipni.org/).
7. Statuts de catégories de noms pouvant être considérés:
7. Statuts de catégories de noms pouvant être considérés :
- Accepté
- Synonyme
- Aucun placement
8. Un plus grand nombre de categories peut être utilisé, si vous avez les informations, incluant:
8. Un plus grand nombre de catégories peut être utilisé, si vous avez les informations, incluant :
- Hybride artificiel (traité comme nom accepté)
- Illégitime (SVP, indiquez s’il s’agit d’un homonyme ou superflus) (traité comme synonyme)
- Invalide (traité comme synonyme)
Expand All @@ -80,8 +82,9 @@ Si vous notez qu’une publication proposant une nouvelle synonymie a été omis

**3.2 Mise à jour des données**

Après qu’une composante particulière de liste ait été vérifiée (indiquée ainsi dans la colonne “checked”), les données nécessiteront des vérifications additionnelles des noms sans placement taxonomique découverts et inclus dans la liste des Fabaceae de la WCVP et sur Rhakhis. Ce dernier est un éditeur en ligne pour la vérification des noms que nous avons intégré comme outil dans notre processus de validation des noms.
Pour les noms sans placement taxonomique qui se trouvent dans le fichier Excel, les corrections devraient être apportées tel qu’indiqué plus haut et soumis au coordonnateur ou à la coordonnatrice responsable. La mise à jour inclut aussi la notification d’une nouvelle synonymie ou de noms ressuscités. Dans ce cas, il est important d’indiquer la référence à la publication.
Après qu’une composante particulière de liste ait été vérifiée (indiquée ainsi dans la colonne “checked”), les données nécessiteront des vérifications additionnelles des noms sans placement taxonomique découverts et inclus dans la liste des Fabaceae de la WCVP et sur Rhakhis. Ce dernier est un éditeur en ligne pour la vérification des noms que nous avons intégré comme outil dans notre processus de validation des noms.

Pour les noms sans placement taxonomique qui se trouvent dans le fichier Excel, les corrections devraient être apportées tel qu’indiqué plus haut et soumis au coordonnateur ou à la coordonnatrice responsable. La mise à jour inclut aussi la notification d’une nouvelle synonymie ou de noms ressuscités. Dans ce cas, il est important d’indiquer la référence à la publication.

Pour les noms sans placement taxonomique dans Rhakhis, inscrivez-vous dans la plateforme [Rhakhis](https://list.worldfloraonline.org/rhakhis/ui/index.html) en utilisant votre identifiant [ORCID](https://orcid.org/register). Des instructions écrites et des vidéos décrivant comment utiliser Rhakhis sont disponibles [ici](https://plant-list-docs.rbge.info/rhakhis/). Un [sandbox](https://rhakhis.rbge.info/rhakhis/ui/) est à votre disposition si vous souhaitez pratiquer et vous familiariser avec le système. Les noms sans placement taxonomique, s'il y a lieu, sont répertoriés vers la fin de la page du taxon.

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7 changes: 4 additions & 3 deletions _posts/pt/2024-07-03-TaxonomyChecklistProdedure.md
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -4,7 +4,7 @@ date: 2024-07-03 06:00:00 +0100
categories: ["How to"]
lang-ref: Checklist Procedures
lang: pt
preTitle: 3 July 2024
preTitle: 3 de julho de 2024
background: https://inaturalist-open-data.s3.amazonaws.com/photos/133409879/original.jpg
imageLicense: |
<em>Entada rheedei</em> Spreng. Image by dineshvalke via [iNaturalist](https://www.inaturalist.org/observations/81342675)
Expand Down Expand Up @@ -50,7 +50,8 @@ Download the relevant checklist per subfamily and unplaced taxa from the Legume

**3. Edit the checklist**

As certain components of the checklist have been verified, one of two processes should be followed going forward: a) check data for the first time or b) maintain data. Herewith are detailed guidelines for both processes and a flow diagram to illustrate the steps.
As certain components of the checklist have been verified, one of two processes should be followed going forward: a) check data for the first time or b) maintain data.
Herewith are detailed guidelines for both processes and a flow diagram to illustrate the steps.

<br />
<img src="/assets/images/Workflow_TaxoWG.png" alt="Figure 1. Flow diagram illustrating the steps that should be followed in checklist curation.">
Expand All @@ -65,7 +66,7 @@ Use published data and follow the International Code of Nomenclature for algae,
2. For every record checked or checked and corrected, add your full name in the column “verified by” and the date on which the record was checked and verified on in the column “verified on (date)”.
3. When a name does not appear in the checklist, visit the [IPNI](https://ipni.org/) website, search for the name and if it is not in the IPNI database, [register](https://ipni.org/registration/) the name.
4. It is important to highlight where new combinations are needed in the checklist. Unpublished names cannot be included in the final checklist. Therefore please comment if/when you intend to publish these or know who will publish these names.
5. If you know of an additional publication justifying the taxonomic arrangement you propose, then please cite in the ‘comment’ column.
5. If you know of an additional publication justifying the taxonomic arrangement you propose, then please cite in the ‘comment’ column.
If you notice that a paper with new synonymy has been missed, then it is sufficient to mention the paper once and there is no further need to make detailed changes. All the changes from that paper will then be added by the editors.
6. If you question synonymy, you can check details on [POWO](https://powo.science.kew.org/) where references are usually provided under the section “Publications” and/or [IPNI](https://ipni.org/).
7. Name status categories that can be used include:
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