CRISPRdirect is a web server for selecting rational CRISPR-Cas9 guide RNAs.
The web server of CRISPRdirect is freely available to all users.
CRISPRdirect web server: https://GGGenome.dbcls.jp/en/
CRISPR-Cas9システムのターゲット配列を設計するウェブサービスです。
どなたでも無償で自由に利用できます。
- https://crispr.dbcls.jp/
本レポジトリにあるCGIが実際に稼働しています。
下記の変数を設定し ./ に POST または GET すると設計結果を取得できます。
-
userseq(省略不可)
FASTA形式、または塩基配列のみを含むテキスト。
塩基構成文字以外は除去され、UはTに置換される。 -
accession(省略可)
設計には使われないが、accession番号を設計結果に表示できる。 -
pam(省略可)
PAMを指定。現在は3塩基に限定。省略時はNGG。 -
db(省略可)
特異性確認のためのデータベース。
hg19: ヒトゲノム
mm10: マウスゲノム
rn5: ラットゲノム
その他 → 利用可能な生物種一覧 -
format(省略可)
設計結果のフォーマット。
html: HTML（省略時のデフォルト)
txt: タブ区切りテキスト
json: JSON形式 -
download(省略可)
検索結果をファイルとしてダウンロード (txt, jsonのみ)
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siDirect (http://siDirect.RNAi.jp/)
哺乳類細胞で活性が高く標的遺伝子に特異的なsiRNAの設計ウェブサーバ -
統合遺伝子検索GGRNA (https://GGRNA.dbcls.jp/)
遺伝子をGoogleのように検索できるウェブサーバ → 紹介記事 -
高速配列検索GGGenome (https://GGGenome.dbcls.jp/)
ゲノム等の塩基配列を高速に検索できるウェブサーバ
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