DEPRECATED

CpH OBP

Corrigiendo strip

Mirando apo/mhe/e me di cuenta de que en los archivos strip_cpp_in me faltó limpiar sodio y las corridas sin agua tienen 1 átomo de sodio. Por eso tuve q crear una topología con 1 átomo de sodio y correr cpp cpptraj scripts para limpiar las trayectorias

pH constante

Luego de la corrida, mover todos los *out al dir outputs/ (como siempre) y todos los cpout a cph_outputs/ y ahí hacer:

cphstats --fix-remd reordered_cpouts *cpout*

P/ q los cpouts, en vez de estar ordenados según réplica, lo estén en base a pH.

Luego, obtengo los pKas y las poblaciones de c/ aminoácido: (ej. con la prote "apo")

Dentro de:

~/labo/20/reobp/run/apo/pdt/cph_outputs

hago:

./get_whole_pop_pka.sh 

Notas

Residuos protonables:

4 GL4 5 GL4 11 HIP 13 GL4 20 GL4 24 AS4 30 AS4 33 GL4 37 AS4 39 GL4 40 AS4 48 GL4 58 AS4 73 GL4 77 AS4 78 GL4 87 AS4 93 GL4 94 GL4 97 HIP 117 AS4

Rehago todo

• 1e/ 2e/ y pre_pdt/ ya no valen más
• Tengo un bajón de Epotencial en la equilibración pq hice el calentamiento a V=cte y luego saqué los restraints a vol constante también. Finalmente pasé a Pr=cte p/ la equilibración y ahí se acomodó la caja (achicó, aumentó densidad) No creo q sea pbma.
• Ahora hay nuevas topologías apo.hmr.parm7 q tienen hydrogen mass reweighted. Permiten correr a 4fs

eol presenta cambio conformacional entre pH bajo y alto. Hélice α Nt se tuerce y esto aparece hasta pH=5.5

/home/pbarletta/labo/20/cph_obp/run/eol/2cluster/kmeans/summary_kmean.dat muestra q no puede hacerse estadística de esto.

there's one protonation state report for each frame.