This is a package aim to visualize the biological pathway.

PathwayIlluminator

The goal of PathwayIlluminator is to make computational analysis more exciting! It provides convenience functions to make some directl results analysis.

Installation

You can install the development version of PathwayIlluminator like so:

# install.packages("devtools")
devtools::install_github("yudalang3/PathwayIlluminator")

You can also install it from the gitee.

# install.packages("remotes")
# install.packages("git2r")
# The two package above should be installed
remotes::install_git("https://gitee.com/yudalang3/PathwayI.git")

Vesion informations:

Here we only record the major features.

• Version 0.0.0.1000 released the first draft of the package.
• Version 0.0.0.1003 add the affine transformer and simulate the simplest model of lipid bilayer.
• Version 0.0.0.1004 put forward another way to draw the phospholipid bilayer, while some flaws exists.
• Version 0.0.0.1005 implements lots of phospholipid bilayer models, from the simplest two lines and the most complex curves.
• Version 0.0.0.1006 implements a simple general signaling pathway.
• Version 0.0.0.1007 Progress has been made in stages, write the mandatory vignettes.
• Version 0.0.0.1008 完成整个API调用的功能，用最简单的一个类，加上+操作符的重载来实现，对于用户来说，简便性大大加强
• Version 0.0.0.1009 新增pTitle与pScaleColor 的API调用函数
• Version 0.0.0.1010 意识到以R这种脚本化形式调用绘图功能的局限性，改用JAVA开发GUI界面，初步实现基本的外观
• Version 0.0.0.1011 完成GUI中的椭圆，矩形等的基本功能，包括使用拖拽方式来绘制，使用拖拽来移动图形元素等。
• Version 0.0.0.1012 新增图形元件，新增GUI拖拽手势
• Version 0.0.0.1013 GUI界面软件新增导入剪切板图像的功能
• Version 0.0.0.1014 GUI界面软件新增导出R代码的功能，用户可以直接粘贴到R中配合R包直接使用
• Version 0.0.0.1015 GUI界面软件新增橡皮擦功能，也添加图标
• Version 0.0.0.1016 GUI界面软件新增grid辅助线功能，也就是辅助定位的标尺，展示形式是井字的网格线
• Version 0.0.0.1017 GUI界面软件添加不同的颜色并且在右上角新增图例
• Version 0.0.0.1018 GUI界面软件新增一种持久化保存的文件格式pathIll，用户可以保存自己绘制的通路骨架
• Version 0.0.0.1019 GUI界面软件实现对pathIll文件格式的保存和读取
• Version 0.0.0.1020 GUI界面软件完善导出R代码的功能，用户可以勾选auto copy的checkbox按钮，从而不必弹出图形界面
• Version 0.0.0.1021 GUI界面软件新增打开License面板的按钮
• Version 0.0.0.1022 GUI界面软件在左侧控制面板下方新增Tutorial
• Version 0.0.0.1023 GUI界面软件完成橡皮擦右键取消的功能
• Version 0.0.0.1024 GUI界面软件 Drawing Panel左上角新增当前画板的长度和宽度指示信息
• Version 0.0.0.1025 GUI界面软件对细胞膜和核膜线条加粗显示
• Version 0.0.0.1026 GUI界面软件实现对 free arrow之外所有图形元素的点击拖拽功能
• Version 0.0.0.1027 将JAVA GUI软件打入R包中的inst/java目录，随R一起分发。
• Version 0.0.0.1028 编写PathwayIlluminator_licenseTerms.txt文件，该文件的说明在用户第一次启动的时候会提醒。
• Version 0.0.0.1029 完善draw PPAR通路绘制的教程文档
• Version 0.0.0.1030 新增多个BioGraphicsNode模版，见basic_bioGraphics_templates数据。
• Version 0.0.0.1031 修复nuclearEnvelop() 绘制函数中，shape参数为ellipse时的过大效应。 当绘制一个单位正方形的是时候，单位是1；但是当绘制一个标准的单位圆的时候，单位是0.5
• Version 0.0.0.1032 为了增加细胞膜磷脂双分子层绘制的美观性，我们将输入的width和height 仅保留一位小数。
• Version 0.0.0.1033 修复 do_bilateral_extension_alongCurve() 方法中计算的一个bug，并添加能够首尾相连形式计算的功能。
• Version 0.0.0.1034 修复调用 dplyr::distanc方法的bug，以后要注意进行浮点数运算的问题
• Version 0.0.0.1035 开始构建ggplot2 style的API 调用接口
• Version 0.0.0.1036 完成使用+为基础的 ggplot2 style API调用方式
• Version 0.0.0.1037 略微调整DNA字符串的y坐标，使之和JAVA GUI版本效果一致
• Version 0.0.0.1038 修复JAVA GUI界面拖动“滑块现象”

More information:

Please keep eyes on me for the first news.

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