Merge pull request #4 from berkedilekoglu/berke-development

bug fix: epitopepredict

README.md

@@ -23,7 +23,6 @@ numpy 1.19.5
 scikit-learn 0.24.2
 joblib 1.0.0
 pandas 1.0.5
-epitopepredict 0.5.0
 tensorflow 2.4.0
 keras 2.3.1
 loguru 0.7.2

setup.py

@@ -27,7 +27,6 @@
         'scikit-learn',
         'joblib',
         'pandas',
-        'epitopepredict',
         'tensorflow',
         'keras',
         'requests',

sumonet/utils/encoding_matrix/blosum62.csv

@@ -0,0 +1,25 @@
+A,R,N,D,C,Q,E,G,H,I,L,K,M,F,P,S,T,W,Y,V,B,Z,X,*
+4,-1,-2,-2,0,-1,-1,0,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1,1,0,-3,-2,0,-2,-1,0,-4
+-1,5,0,-2,-3,1,0,-2,0,-3,-2,2,-1,-3,-2,-1,-1,-3,-2,-3,-1,0,-1,-4
+-2,0,6,1,-3,0,0,0,1,-3,-3,0,-2,-3,-2,1,0,-4,-2,-3,3,0,-1,-4
+-2,-2,1,6,-3,0,2,-1,-1,-3,-4,-1,-3,-3,-1,0,-1,-4,-3,-3,4,1,-1,-4
+0,-3,-3,-3,9,-3,-4,-3,-3,-1,-1,-3,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-1,-3,-3,-2,-4
+-1,1,0,0,-3,5,2,-2,0,-3,-2,1,0,-3,-1,0,-1,-2,-1,-2,0,3,-1,-4
+-1,0,0,2,-4,2,5,-2,0,-3,-3,1,-2,-3,-1,0,-1,-3,-2,-2,1,4,-1,-4
+0,-2,0,-1,-3,-2,-2,6,-2,-4,-4,-2,-3,-3,-2,0,-2,-2,-3,-3,-1,-2,-1,-4
+-2,0,1,-1,-3,0,0,-2,8,-3,-3,-1,-2,-1,-2,-1,-2,-2,2,-3,0,0,-1,-4
+-1,-3,-3,-3,-1,-3,-3,-4,-3,4,2,-3,1,0,-3,-2,-1,-3,-1,3,-3,-3,-1,-4
+-1,-2,-3,-4,-1,-2,-3,-4,-3,2,4,-2,2,0,-3,-2,-1,-2,-1,1,-4,-3,-1,-4
+-1,2,0,-1,-3,1,1,-2,-1,-3,-2,5,-1,-3,-1,0,-1,-3,-2,-2,0,1,-1,-4
+-1,-1,-2,-3,-1,0,-2,-3,-2,1,2,-1,5,0,-2,-1,-1,-1,-1,1,-3,-1,-1,-4
+-2,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-3,-1,0,0,-3,0,6,-4,-2,-2,1,3,-1,-3,-3,-1,-4
+-1,-2,-2,-1,-3,-1,-1,-2,-2,-3,-3,-1,-2,-4,7,-1,-1,-4,-3,-2,-2,-1,-2,-4
+1,-1,1,0,-1,0,0,0,-1,-2,-2,0,-1,-2,-1,4,1,-3,-2,-2,0,0,0,-4
+0,-1,0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1,1,5,-2,-2,0,-1,-1,0,-4
+-3,-3,-4,-4,-2,-2,-3,-2,-2,-3,-2,-3,-1,1,-4,-3,-2,11,2,-3,-4,-3,-2,-4
+-2,-2,-2,-3,-2,-1,-2,-3,2,-1,-1,-2,-1,3,-3,-2,-2,2,7,-1,-3,-2,-1,-4
+0,-3,-3,-3,-1,-2,-2,-3,-3,3,1,-2,1,-1,-2,-2,0,-3,-1,4,-3,-2,-1,-4
+-2,-1,3,4,-3,0,1,-1,0,-3,-4,0,-3,-3,-2,0,-1,-4,-3,-3,4,1,-1,-4
+-1,0,0,1,-3,3,4,-2,0,-3,-3,1,-1,-3,-1,0,-1,-3,-2,-2,1,4,-1,-4
+0,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2,0,0,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-4
+-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,1

sumonet/utils/encodings.py

@@ -2,7 +2,6 @@
 import joblib
 import numpy as np
 import pandas as pd
-import epitopepredict as ep
 
 from sumonet.utils.data_pipe import Data
 from typing import List
@@ -13,6 +12,10 @@ def get_min_max_scaler_path():
 
         return os.path.join(script_directory, "scaler", "minmax_scaler.gz")
 
+def get_blosum_matrix_path():
+
+        return os.path.join(script_directory, "encoding_matrix", "blosum62.csv")
+
 
 
 def create_dict():
@@ -52,7 +55,7 @@ def __init__(self, encoderType: str='blosum62' ,scaler: bool=True) -> None:
 
 
         self.encodings = create_dict() # Dictionary for one-hot encoding
-        self.blosum = ep.blosum62
+        self.blosum = pd.read_csv(get_blosum_matrix_path())
         self.nlf = pd.read_csv('https://raw.githubusercontent.com/dmnfarrell/epitopepredict/master/epitopepredict/mhcdata/NLF.csv',index_col=0)
 
         self.sequences = []
@@ -63,7 +66,7 @@ def get_sequence(self):
 
     def set_encoder_type(self,encoderType):
         self.encoderType = encoderType
-    
+
     def one_hot(self,data):
 
         oneHot_data = np.zeros((len(data),len(data[0]),len(self.encodings)))